有鑑於 104 年初發生高病原性家禽流行性感冒疫情，重創家禽產業，行政院農業委員會為全面提升家禽畜牧場生物安全防護，並擴大納管小規模禽場之疫情監測，於同年 4 月 28 日公告修正「應申請畜牧場登記之家畜家禽飼養規模」，將養禽場應辦理牧場登記之數量下限從 3,000 隻調降為 500 隻，並自本（ 105 ）年 4 月 30 日生效實施。
農委會說明，自新規定生效日起，凡飼養 500 隻以上規模之家禽場均應取得所轄直轄市、縣（市）政府所發畜牧場登記證，且其養禽設施應符合該會主要畜牧設施之「非開放式」禽舍規定；逾期未辦證者，將依畜牧法第 39 條第 1 項第 1 款規定，處新臺幣 3 萬元以上 15 萬元以下罰鍰。該會呼籲尚未辦理登記證之家禽場，應儘速申辦，以免逾期受罰。
農委會強調，此次下修應申請畜牧場登記之家禽飼養規模之措施，將小規模之家禽場確實納入管理，其目的為督促該等禽場能落實興設「非開放式」禽舍之規定，即禽舍必須符合使外界禽鳥無法接觸禽舍內家禽，以及具遮蔽物或頂棚，使外界禽鳥排遺無法掉入禽舍內之條件，該會並提供「非開放式」禽舍之標準設計圖樣，供農民參考並方便農民興設，以降低禽流感疫情再發生風險。
針對未達 500 隻規模之家禽飼養場，農委會除責成地方政府應辦理普查並辦理登錄造冊納管外，並應依「 H5 、 H7 亞型家禽流行性感冒防治措施」之規定，輔導業者落實各項生物安全措施，以避免成為防疫之死角，影響整體防疫成效。該會最後呼籲，目前仍有發生零星散發案例，禽流感的防疫工作需要產官學研各界共同攜手合作，且須從畜牧場端落實防疫工作，方能克竟全功。